爱的觉醒
1955年，17岁的海军士兵奥巴瑞正站在太平洋舰艇上，一只海豚跃出水面，冲着他微笑，还发出美妙的歌声，旋转了两圈后优雅地潜入水里。奥巴瑞觉得海豚的微笑神秘而慈祥，退役后当一名海豚驯养师便成了他的愿望。
5年后，奥巴瑞愿望成真。一只叫凯西的母海豚最让他怜爱，它不仅尾巴舞得优美，还会将奥巴瑞抛上抛下，甚至只要他走进场馆，就跳出来和他打招呼。1964年，由奥巴瑞和海豚们主演的节目《海豚美眉》开播，海豚们俘获了无数观众的心。节日热播了4年，令奥巴瑞名利双收。
1970年的一天，一个同事告诉奥巴瑞，凯西很不对劲，让他去看看。此时凯西已经退休，被安置在水族馆外一个狭窄的水箱里。它仍然认识奥巴瑞，双眼牢牢地盯着他。奥巴瑞下水想和它嬉戏，但凯西游向他的怀里，和他对视时突然停止呼吸，径直沉了下去，并且再也没有浮上来。当凯西被捞上来时，他震惊地看到，它至死都保持着微笑的面孔。生命尽头的凯西为什么还微笑？他就这个问题请教了海洋生物专家。
专家告诉他，海豚只会微笑一种表情，而且对凯西尸体的解剖表明，它是自杀。因为海豚每一次呼吸都是有意识的，当它自动关闭鼻孔。放弃呼吸，就能自己死亡。由于水箱活动区域太小，过滤系统噪音太大，而海豚声呐系统极为敏感，噪音会让它产生极大的精神压力，最后凯西才会自杀。原来，凯西见他最后一面，是要当，着他的面自杀！奥巴瑞难过不已，万分愧疚。
凯西临终前的眼神不断在他脑海里闪现，他想起两年前曾亲手捕获过一只叫布朗的小海豚，并且为了利益将它卖给了一个海边实验室。奥巴瑞决定乘飞机赶往那里，然后租一条小船趁黑夜靠近实验室，释放布朗。奥巴瑞偷偷潜下水，打开闸门，想诱导布朗带领同伴游出来回归大海。可恰逢涨潮。海水倒灌进水池里，不仅海豚不能往外游，奥巴瑞连同小船也被冲向实验水域。
他被发现了，实验室控告他恶意侵犯财产，结果他被判入狱7天。这7天也让他认识到，自己对海豚犯下了不可饶恕的罪过，他要赎罪！
冒死拯救
出狱后，奥巴瑞到各水族馆进行演说，叫人们不要看海豚表演。当他发现公开阻止不能奏效时，便前往世界各地的海豚围捕场，偷偷剪断铁丝网释放海豚。20世纪70年代末，奥巴瑞变卖所有家产，成立“海豚保护协会”，联合其他海洋生物保护者到各地游说。劝说政府立法保护海豚。
2003年，他来到日本太地町，这个不到3000人的渔村，是世界上最大的海豚供给中心。9月是这里的开捕节，渔民们聚在一起喝酒狂欢，然后来到太极湾。
只见渔民们驾船到海豚栖息海域，围成圈不断敲打金属棒，巨大的噪音让惊慌失措的海豚们成群结队被驱赶到狭窄的太极湾里，随后被切断退路。接着，来自世界各地水族馆的驯养师被允许进入，挑选那些年轻美丽、唱歌又好听的母海豚。然而渔民们并没有放走余下的海豚，而是继续敲击金属管，直至海豚筋疲力尽。夜幕降临，最惨烈的事情发生了：渔民们高举起铁毛刺，毫不留情地刺向那些被困住的海豚。悲鸣声四起，海水渐渐变红，奥巴瑞泪水横流。他知道，海豚要3年—5年才怀胎一次，一次长达12个月，所以海豚出了名的深情。显然渔民们也了解这一点，他们先刺杀小海豚，引母海豚过来，然后轻而易举地将其杀掉，再杀掉伤心的父亲……灯光下，海豚的尸体在浮上浮下。
第二天，渔民们将海豚的尸体打捞上来，进行切割，然后与涌来的海鲜商贩交易。太地町满街的寿司店卖的都是海豚寿司，而在东京各大超市，海豚肉会被贴上鲸鱼肉的标签出售，因为食鲸是这个国家的传统。
这才是大规模捕杀海豚的真正原因。奥巴瑞下决心揭开这血淋淋自黑幕。此后他又多次潜入太地町，偷拍到许多血腥镜头。经详细调查，在太极湾，每年被捕杀的海豚竟然多达2万—3万头，这比官方宣布的10倍还要多。
2005年，美国《国家地理》前摄影师、电影人路易·皮斯霍斯对他偷拍到的照片产生了兴趣。皮斯霍斯也是海洋保护协会的成员，他对于奥巴瑞讲述的日本秘密海湾的海豚屠杀十分震惊，表示要去看一下，拍一部纪录片。
揭露真相
皮斯霍斯3个月内组织到好莱坞的电影道具高手、世界潜水冠军、社会活动家和侦查专家等。同年9月，这支精干的“特种部队”伪装成采风团到达太地町，此时奥巴瑞已年近七旬，但为了能将7大箱摄像设备准确地装到太极湾水面下，他不顾高龄，带领世界潜水冠军，一趟一趟地在漆黑的夜里潜入深海。
他们获得了许多珍贵的画面，并历经千辛万苦把这些录像带及时送出日本国境。
2009年，命名为《海豚湾》的长达一个半小时的纪录片，出现在奥斯卡评委的面前，只见画面上先是碧蓝的海水，然后海水开始变红，镜头推近，鲜红的海水下面是数千只被追赶的海豚，一只海豚宝宝朝着镜头游过来，它身后跟着长长的铁叉，它被刺中后疼得跃出水面，激起血色的浪花，落下来，又被刺中，它悲鸣，铁叉接二连三落到它身上……评委们被震撼了。他们一致投票，给予它最佳纪录片的荣誉。
迫于舆论压力，日本电影商于2010年6月引进《海豚湾》，然而，由于国内反对势力作梗，该片始终无法上映。2010年6月24日，奥巴瑞身背大大的液晶屏，出现在人潮汹涌的东京街头，播放《海豚湾》。
渔民冲击他，警察包围他，他艰难前行，但他背上的画面让东京市民触目惊心。他们深感耻辱，才知道自己被逐利的渔民蒙蔽，开始自发保护奥巴瑞。由于国内民众态度的转向，2010年7月3日，《海豚湾》终于在东京等地公映成功。
奥巴瑞依然在战斗，他希望在有生之年看到彻底结束对海豚的无情屠杀。他从未料到，因为孤寂的太平洋里一只海豚的微笑，他的人生会如此跌宕起伏。