公元1070年，修复六井工程刚刚开工，苏东坡就被调离杭州。这一走，连苏东坡自己也没有想到，十六年后的公元1086年，五十四岁的他又第二次来到杭州任知州。十六年前疏浚西湖的愿望又一次被他提了出来，当时的西湖情况十分糟糕，湖面因杂草淤塞而大面积缩小，面临湮废的边缘。杭州的农业、手工业、交通运输业、人民生活和整个城市的发展都受到了威胁。西湖一旦湮废，不但沿湖的千顷农田将失去灌溉水源，而且西湖本身的鱼虾菱藕等水生物也将完全丧失。当时，杭州是全国酿酒业最为发达的城市之一，西湖一废，酿酒业必定无以为继，朝廷也将失去巨额酒业税源。另外，杭州当时有茆山和盐桥两条运河，它们纵贯南北，都和江南运河相沟通，是杭州城市的交通命脉。在湖水充沛的时期，它们以西湖为水源，不仅河道通畅无淤，而且河水还可以为城市居民所取用。但随着湖水的枯竭，运河就不得不依靠钱塘江水，结果是咸潮倒灌，沿河斥卤，而且大量泥沙会随着咸潮淤入运河，使运河每隔三年五载就必须疏浚，其耗费十分巨大。更为严重的是，随着西湖的湮废，杭州城居民将陷于咸水和苦水之中，百姓生存都成问题。面对着这样严重的威胁，具有城市建设发展远见的苏东坡作出了全面整治西湖和兴修杭州水系的计划，一面上奏朝廷，一面筹措工程经费，开始对西湖进行大规模的疏浚。
在这次对西湖的大规模疏浚工程中，西湖得到了全面深挖。苏东坡下令撤废了湖中私围的葑田，在今湖心亭一带全湖景深之处，建立了石塔三座，禁止在石塔范围内养殖菱藕，以防湖底的淤淀。又把疏浚出来的大量淤泥，在湖中建筑了一条沟通西湖南北岸的长堤，堤上修建了六座石桥以流通湖水，全堤遍植芙蓉、杨柳和各种花草。于是，六桥烟柳的景色，使西湖平添了无限妍媚。西湖疏浚以后，全湖又充满了一泓碧水，于是又在运河与西湖沟通之处建筑闸堰，使纵贯城市中心的盐桥运河专受湖水，与江潮隔绝，而使城市东郊的茆山运河专受江潮，两河互不干扰，做到了潮不入市。与此同时，苏东坡还征用士兵及民工对运河进行了大规模的疏浚。六井通，西湖畅，清水遍全城。
杭州因西湖之水而成为北宋规模空前的城邦，跃居当时全国第一大城市。北宋文学家欧阳修曾描写杭州的富庶是“邑屋华丽，盖十万余家”。苏东坡在杭州为官两任，两次为官都整治西湖，兴建水利，繁荣城市，造福百姓。后人怀念苏东坡，把西湖长堤称为苏堤。苏堤春晓，更是引人入胜的西湖佳景。