1938年，王钟翰在燕京大学本科毕业，旋入研究院史学部继续攻读硕士学位。说到六年读书生活，自然有印象最深的事情。但是王钟翰最深刻的记忆出人意料，不是燕园里面好读书，也不是呼朋引伴，甚至不是大师们的谆谆教诲。王钟翰对于大学最深刻的记忆，竟然是喝酒。
“在当时的燕大里，住着几位美国老太太，每个周五晚上她们都到临湖轩跟司徒雷登聊天，向司徒雷登汇报一些学校里的‘小道消息’。有一次，我在海淀同和居喝醉了酒。那是当时在海淀很有名的一个小吃店，那里最出名的酒就是莲花白。我因为喜欢喝酒，就经常到那里去。那一次我在同和居喝酒，喝了莲花白之后还嫌不过瘾，又喝了不少杏花村的白干，结果喝醉了。出了同和居在过马路的时候，我晕晕糊糊地就摔倒在马路旁边了。这种情况被那几个老太太看到了。那时候我在燕京上学，除了第一年家里给了一百大洋之外，其他的全靠奖学金和寒暑假打工挣得一点钱。从我入学一直到卢沟桥事变爆发，我一共两次得到学校的奖学金共四百大洋，后来战争爆发，学校也就不再提供奖学金了。那几个老太太添油加醋跟司徒雷登讲述了一番，并提议取消我的奖学金。司徒雷登听了知道传话会有夸张之处，没有说话，之后他找到了我的老师洪业先生，洪先生说：‘这好办，王钟翰最听邓之诚先生的话，我告诉邓先生，让邓先生处理他。’邓先生听到这件事打电话到我的宿舍里，让我明天十点到他家里。那天我去了之后，邓先生在桌子上准备了一小杯白干，问我：‘你昨天喝酒啦？’我‘嗯’了一声，并不说话，心想这下要挨批了。邓先生指了指桌子上的酒：‘再喝这一杯。’邓先生解释说，在喝醉酒清醒之后一定要再喝一点，压整一下，以后再见了酒也不会害怕。我喝完那杯酒，邓先生说：‘好了，你回去吧。’他是怎么跟司徒雷登交待的，我并不知道。不过，我喜欢喝酒而且能喝，却在燕京里面有了一点小小的名气。”
抗日战争爆发之后的燕大，在美国星条旗的保护之下，虽然令日本人投鼠忌器，但也并非是固若金汤，对燕大心存觊觎之心的日本宪兵队时常不断会到燕京“拜访”。因酒得名的王钟翰，因为一次和日本人的“酒战”，上了当时北京的报纸：
“燕大没有关闭之前，日本宪兵队总队住在西苑，统管着全北京的日本宪兵队。总队的队长华田常常到燕京大学去，名义上是“拜访”司徒雷登。华田去燕京的时候，只带一两个人，不带侍卫队，枪也是掖在衣服里面。司徒雷登对于这种拜访，自然不好拒绝，不但不好拒绝，有时候到了吃饭的时候，善于处理关系的司徒雷登还会请华田在临湖轩吃顿便饭。餐厅在临湖轩的东头，西头则是司徒雷登的卧室，中间是个比较大的客厅。
“秋天的一天，华田到燕京大学，忽然提出要跟燕大教职员比赛喝酒。司徒雷登知道我能喝酒，就让洪业先生找到我，我记得当时在场的还有陆志韦先生。我去了之后，那个日本宪兵队长华田摆了10瓶啤酒，并且说不用杯子，直接对着瓶儿喝！我当时正年轻，心想：打仗我打不过你们，喝酒一定要把你喝倒。结果喝了不到九瓶，华田已经塌倒在桌子底下去了。而我还在那里要喝够十瓶。当时在场的老师们表面上没有显露什么，但是心里确实欢欣鼓舞，那个日本人华田呢，只好灰溜溜地走了。当时北京一家报纸还为此事做了报道。
后来太平洋战争爆发，日本宪兵队的大卡车闯进我们的校园，逮捕了很多师生。我虽然也多次参加抗日的活动，却没有被逮捕，我想，也许是那个华田觉得见了我很没有面子吧。”
王钟翰在燕京大学发表的第一篇学术论文是《辨纪晓岚（昀）手稿简明目录》。1936年，中国营造社印行《钦定四库全书简明目录》，并认为那是清代大儒纪晓岚的手迹。王钟翰的业师洪业看了之后感觉从字体及印文上并非纪晓岚之作。这种大好题目，在洪业做来自然是易如反掌，但是他却把王钟翰叫了去，对王钟翰说了他的看法以及思路。王钟翰按照洪业的思路，拿印行的《钦定四库全书简明目录》与纪氏审定的《四库全书总目提要》一一对照，发现疑点竟然多达100多处。王钟翰将这些发现一一整理成文，又是洪业把文章推荐到当时鼎盛一时的《大公报》上发表。
初战告捷，王钟翰“喜不自胜”，呼朋引伴，又到饭馆去“美餐一顿”。后来他把这篇在学术上起步的“第一桶金”拿给另一位他同样尊重的老师邓之诚，不料却引来“一盆冷水”，邓之诚说文章本不必写那么长，只要几条例证就足以致其死命，何必多引？一正一反，体现了两位大师学术思路的不同，但是对于初治清史的王钟翰，正如严父慈母之于踽踽学步的孩童。
1946年，王钟翰被燕京大学委派到哈佛攻读博士学位。初到美国的王钟翰在哈佛碰到了杨联陞，杨联陞问他：你这番来美国，是想来求学，还是来拿学位？王钟翰觉得很奇怪，杨联陞接着说：“要拿学位，就得攒够学分，故而选课要多，应当选易于学的，有了足够的学分，才谈得上做论文，所以在这里拿学位就得做长期准备。至于求学问，那就得根据你自己的需要了。”果然，王钟翰在递交博士论文的时候遇到了麻烦，当时的哈佛燕京学社主任认为他的论文写法不合哈佛博士论文的要求，在跟王钟翰的业师洪业打了招呼之后把王钟翰叫到办公室，说：“你的学期论文不行，下学期给你半年预备时间，你准备硕士论文答辩，取得硕士学位回国去吧。”王钟翰不服气：“我已有了燕大的硕士学位，不再需要哈佛的硕士学位。我是来念博士的。”
1948年，留学年限已满，没有拿到博士学位却学了满腹经纶的王钟翰从美国返回燕大。一直到1952年的院系调整，他都生活在美丽的燕园之内。1952年之后，燕京大学不复存在，王钟翰被调入中央民族学院，学术研究也从清史转向满族史。
1957年，王钟翰被打成右派，划分右派的理由是：“得过司徒雷登的奖学金，对司徒有感情。”这，也许是王钟翰与燕京大学最后的一点关联。