傅斯年被誉为“国士”，被赞为“大炮”，并非没有来由。他富有民族气节，极具战斗精神，宁肯断头，决不屈膝。
当敌寇犹如蝗虫和黄蜂一般集结，准备疯狂入侵的时候，中国民间反抗者的表现方式各不相同，江湖豪杰断发文身，知识精英蓄须明志，冯友兰和闻一多就是在抗战时期成为了“美髯公”。傅斯年是五四斗士，也是历史学家，他的做法很特别，给儿子取名仁轨，可谓态度鲜明。很显然，这个名字有出处，有典故。刘仁轨是唐朝大将，驻守朝鲜，抗击日军，打过极其漂亮的歼灭战。
抗战期间，傅斯年为儿子傅仁轨书写文天祥的《正气歌》，嘱咐他“日习数行，期以成诵”，告诫他“做人之道，发轨于是，立基于是，若不能看破生死，则必为生死所困，所以异乎禽兽者几希矣”。
南宋灭亡后，文天祥被囚禁在大都（今北京）长达三年，元世祖忽必烈不想杀他，而想用他，于是让十二岁的宋恭帝去狱中劝降。文天祥见到宋恭帝赵隰的那副委琐熊样，仿佛万箭穿心，但他仍以“君降臣不降”五字断然峻拒。傅斯年是北人，文天祥是南人，北人素来轻视南人的骨气，然而悠悠数百载，毕竟会有例外。
1935年，神州大地风云变幻，形势危如累卵，日本人大肆鼓噪“华北五省自治”。畏敌如虎的人极其天真，主张将北平降格为“中立区”，为此发起建立北平文化城运动。一时间，人心惶惶，议论纷纷。值此敏感时期，胡适身为“低调俱乐部”成员，发表了附和政府妥协政策的软性言论———《保卫华北的重要》。傅斯年读罢此文，怒不可遏，大有冰炭不同炉、薰莸不同器的愤慨，他宣称要退出《独立评论》杂志社，与胡适割袍断义，割席断交，幸得丁文江居中斡旋，多方调停，傅斯年才与胡适言归于好。“吾爱吾师，吾更爱真理！吾更爱祖国！”如此理解傅斯年与胡适的友谊，则庶几乎近之。胡适也是爱国的，但他一度被自己的那个“和比战难”的论调绊倒在地。
北平市长秦德纯上任伊始，设宴款待教育界名流，他板起面孔，虚声恫吓，要大家看清形势，知所进退，还公然为敌张目，大放厥词，“在日人面前要保持沉默”，以免惹祸，俨然出面为日本军国主义政府招降。当时，全场名流面面相觑，噤声无语，气氛固结而凝重，唯有傅斯年愤然作色，拍案而起，当面教训秦德纯不要忘记自己是中国人，是国民政府的官员，不要站错了民族立场。他宣称，当此国运悬于一线的危急时刻，身为学人，宁为玉碎，不为瓦全。这种反抗的态度和不屈的精神，赢得了众多学者的敬重。嗣后，一二九学生运动发出示威的强音，使得北平浑浊的空气为之一清。当时，亲日派嚣张，日本特务猖獗，傅斯年严正表态，很可能招致血光之灾，但他大义凛然，毫不畏缩。
抗战伊始，名校南迁，然后西迁，北大、清华、南开三校合并为西南联合大学，定址昆明（文学院和法学院在蒙自有三个月的过渡期），宝贵的师资和财力得以集中利用。因陋就简，办好一所战时的中国最高学府，这个奇妙的构想最初即源出于傅斯年的灵感。此举壮哉伟哉！在中国现代教育史上，自可大书特书一笔。西南联大经受住战火的考验，培养了一大批栋梁之材，日后，获得诺贝尔物理学奖的美籍华裔科学家李政道、杨振宁，均是西南联大的高材生。
抗战胜利的消息传到重庆，傅斯年欣喜若狂，他从住所里寻出一瓶烈酒，跑到街上，手舞足蹈，犹如醉八仙，脱略于形骸之外。他用手杖挑起帽子，又像一位变戏法的魔术师。那晚，他在街头与民众笑闹了许久，直到酩酊大醉，手杖和帽子全都不翼而飞。国家出了头，老百姓有了活路，这是傅斯年最感畅怀、惬意的喜事。