中等个头，51岁的崔永元像是两个分身，一个作为被大众熟知的国民主持人，温和谦逊，是邻家大叔；另外一个相当陌生，在和大众不那么熟悉的“转基因”这样的科普词语结合在一起的时候，他就呈现出似乎不同的形态：高调、坚决、犀利。
2013年9月7日，方舟子发起活动鼓励网友品尝转基因玉米。对此，崔永元回应：转基因食品，你可以选择吃，我可以选择不吃。你可以说你懂“科学”，我有理由有权利质疑你懂的“科学”到底科学不科学。
随后崔和方在网上展开了长达6个月的关于转基因的论战。
为此，崔永元在互联网上受到了相当一部分人的嘲笑。有人说他“科盲”“文傻”，一篇财经网的专栏文章《小崔考察转基因哪里出了问题？》流传甚广，“崔没有能成功证明转基因‘危害’。他只是证明了一个聪明人在采用了错误方法论后，能够在谬误的道路上走多远”。
在这些人眼里，崔永元是一个完全不懂得科学体系的落伍者，一个挑战大风车的堂吉诃德。无论这场对抗结果如何，崔永元已经损失了他曾经无可挑剔的美誉度。
在崔永元的自传里面有这样一句话：“进入群体的个人在‘集体潜意识’机制下，在心理上会产生一种本质性的变化。……这样的个人会不由自主地失去自我意识完全变成另一种理智水平十分低下的生物。”
2011年3月6日，崔永元以美国洛杉矶手机费9。9美元包年为例，在两会的小组讨论会上炮轰国内手机资费“贵得离谱”。随后，众网友留言称他引用的数据不准。崔永元核实后在微博致歉。
那是他难得的一次妥协。其实从某种意义上来说，不管是令崔永元成名的央视还是做口述历史，他都是独树一帜地孤独。但崔永元不承认自己孤独，他只是不愿意随大流，即使提出质疑会使自己处在少数派的地位。
最近有天凌晨，崔永元在回家的时候碰巧看到两个人在小区里拿着铁棍子要玩儿命。原来两车在停车场撞了一下，受损方想让赔钱，肇事方想走保险，谈不拢就要动手。崔永元去把两人拦住，帮着断案。赔多少钱？一边说赔500元，另一方说100元。然后崔永元掏出钱包，让一边给100元，自己加了400元给另一边，“这事就解决了。跟我有什么关系呢？我说跟我没关系，但是你用铁棍子把他打死，这事可就大了，看到了就得管”。
这就是常见的多管闲事的崔永元。就在做转基因的调查之前，他曾经和助手开着车在北京转了15个晚上，察看北京晚上车的情况，发现大货车毫无遮拦，掉下来的尘土砂石比PM2。5更直接。所以他当时就觉得政府针对私家车是不对的。后来他还为此和市容委、市政府办公厅拉锯了多个回合。
助理刘磊磊说崔永元是个“晚上基本不怎么睡觉的人”。你可以把这理解为“公共道德洁癖”，但崔永元坚持认为只是“举手之劳”。
“我是觉得差不多了，现在家喻户晓，基本都知道这个事，然后大家都有这个判断力。甚至我觉得有兴趣的媒体自己也可以追下去了。”只是，这样决定“放下”的时刻似乎凤毛麟角，之后很快崔永元又坚定地回答说，“我只要觉得我是在维护公众利益，我只要觉得我是正确的，我永远会坚持。就是剩我一个人我也会坚持”。说这话时，他的表情好像他是个命定的使者。