当博伊斯乔利听到瑟奥科尔公司将于1月28日发射“挑战者”号航天飞机时，感到非常震惊，因为他得知，28日发射地点佛罗里达的卡纳维拉尔角气温将降至冰点以下，最低温度低至零下5℃，这样的低温条件对于火箭的发射是极其不利的——0℃以下，用于密封火箭燃料的“O形圈”会变得非常坚硬，伸缩性会降低；坚硬的“O形圈”膨胀的速度变慢，密封的效果就会大打折扣。虽然那可能只是零点几秒的时间，但足以把一次发射变成一场灾难。
其实，博伊斯乔利在发射前6个月就对“O形圈”提出质疑，因为一年前他曾亲自跑到佛罗里达，对上一次低温发射时使用的火箭进行了检查，让他吃惊的是，第一层“O形圈”失灵，热气跑了出来，幸运的是，第二层“O形圈”拦住了热气。博伊斯乔利现在仍保存着当时拍摄的“O形圈”照片，本应是蜜色的润滑油被熏成了黑色。第一层“O形圈”的很多部分不见了，很显然，它们被烤化了。他曾对NASA（美国国家航空航天局）的官员说：“我看到这一切时，心口像堵上了一团棉花。那次发射，航天飞机竟然没有爆炸，简直是奇迹！”
在“挑战者”号航天飞机发射前一天的例行电视会议上，博伊斯乔利和同事埃比林足足花了6个小时，力劝NASA推迟“挑战者”号的发射。但他们的建议遭到了瑟奥科尔公司高层的否决。瑟奥科尔公司高层不希望依据公司数据库之外的数据飞行，他们有过一次气温低于零下12℃的成功发射记录。博伊斯乔利愤怒地站起来，抓起那张被烧毁的“O形圈”的照片，放到4名高级经理面前的桌子上，但他们连看都不看。
瑟奥科尔公司请求暂停会议5分钟。随后的公司内部讨论持续了不是5分钟而是30分钟，但包括博伊斯乔利在内的工程师们被排除在外，4名高级经理投票赞成发射。瑟奥科尔公司总裁杰里·马森随即接通了电视会议，通知NASA，“挑战者”号可以发射。NASA的官员们似乎不想介入这场“争论”，他们毫无异议地同意了瑟奥科尔公司的决定。博伊斯乔利无奈地退场，他知道，在这场博弈中自己难以胜出，这些人为了完成快捷而便宜的太空商业旅行计划，急需取悦最重要的客户——NASA。“挑战者”号曾因天气恶劣两度推迟发射，这些“商人”已经不能忍受再次推迟发射带来的负面影响和经济损失。
1986年1月28日上午，天寒地冻。在“挑战者”号发射前几分钟，博伊斯乔利在瑟奥科尔公司会议室门外焦急地踱来踱去。埃比林希望博伊斯乔利到会议室观看航天飞机发射的现场直播，一开始，博伊斯乔利告诉埃比林：“不，我不想看发射，我不想看到发射失败。”但后来他还是走进了会议室。上午11时38分，发射倒数计时开始后，博伊斯乔利和埃比林站在电视屏幕前，两人的手緊紧地握在了一起，紧张地注视着屏幕。让他们感到庆幸的是，“挑战者”号平稳地离开发射台升空了。博伊斯乔利转向埃比林：“我们刚刚躲过了一颗子弹！”因为按他们的分析，“挑战者”号会在平台上爆炸。然而就在两人长长地舒了口气的时候，“挑战者”号升空后的第73秒钟，他们面前的电视屏幕上突然烟雾弥漫，“挑战者”号爆炸解体……这次灾难导致航天飞机上的7名宇航员全部遇难，解体后的残骸掉落在美国佛罗里达州中部的大西洋沿海处。这次灾难性事故还导致美国的航天飞机飞行计划被冻结了长达32个月。博伊斯乔利在总统调查委员会的听证会上对瑟奥科尔公司的经理们连连发起凌厉质问。他的做法受到公司的指责，公司认为他不该把相关的文件披露给总统委员会，他是个“叛徒”；同事们更是对他怀恨在心，因为他打碎了他们的“金饭碗”。在2003年的一次访谈中，博伊斯乔利回忆到：在事故发生之后，NASA没有审查自身官僚体系的失误，瑟奥科尔公司也没有检讨唯利是“飞”的商业体制，反而积极地抹黑他在航天工业领域的声望，逼迫他离开钟爱的行业。这次航天灾难彻底改变了博伊斯乔利的人生轨迹，他此后再也没有从事与航天发射相关的工作，而是成为司法鉴定工程师和工程道德讲师。
这场灾难对博伊斯乔利的心理影响更是巨大的，有时他甚至需要在犹他州的冬天里用疯狂劈柴的举动来平复心中的愤怒；他常常半夜从噩梦中惊醒，嘴里呼喊着遇难宇航员的名字，他们都是他十分要好的朋友，他内疚没能在他们的生死问题上做出更强有力的行动。
博伊斯乔利曾在一篇日记里写下了这样一段话：“所有的人都认为我不需要对那场灾难负责，是的，无论从法理还是从情感上说，我似乎都是无罪的。但我感到绝望，因为我怀疑那些主宰着我们生活的精英为了自身利益，在重大问题上并不会做出正确合理的决定，这是一场良知‘冻结’后的灾难……”博伊斯乔利离开航天业后，再也没有进行过任何工程技术研究，他只是奔走各地，反复宣讲着他的“工程道德”：良心一旦失守，科技的命运就不只是一场航天灾难。