一个秋天的早晨，北京房山区蒲洼乡森水村的蜂农董祥亮被一阵嗡嗡声惊醒。打开房门，董祥亮大吃一惊，院子里群蜂正在激烈交战，入侵蜜蜂铺天盖地，与他家的中华蜜蜂掐作一团。
老董和爱人尝试用水泼、火烧的办法阻止蜜蜂厮打，但都无济于事。蜜蜂死的死伤的伤，但最让老董心痛的是蜂王的死，这对于蜂群是个严重的损失。
在蜜蜂王国里，只有蜂王可以孕育后代、延续蜜蜂种群。工蜂们整日忙碌，也都是为了种群的扩大。一旦失去了蜂王，一窝工蜂也就各自散开了。万般无奈之下，董祥亮向专家求助。
排除嫌疑
中国农业科学院蜜蜂所资深研究员杨冠煌，从事中华蜜蜂研究40多年。从蒲洼乡的电话中得知那里的蜜蜂出了问题，他非常着急，因为他了解蒲洼山区的养蜂情况，那里是北京唯一保有中华蜜蜂的地方，如果这个地方的中蜂再大量死亡，北京的中蜂就会灭绝了。
中华蜜蜂曾经有过辉煌的历史。清朝时，用传统方法饲养在木桶、竹篓和树干等半野生状态的蜂群遍及全国各省，至少有500万群。然而，20世纪中后期，情况发生了剧变，中华蜜蜂减少了80％，目前已不到100万群，分布区域只有以前的四分之一。
这些情况使杨冠煌非常困惑，而董祥亮的反映突然给了他灵感：蜂王不明原因的集中死亡与中华蜜蜂的减少这两者之间也许有着密切的关系。他决定前往蒲洼乡一探究竟。
此时蜂战已经过去半个月了，院落早已清扫了多次，杨冠煌仔细在泥土中寻找残留的线索，却只找到了少量的蜜蜂残骸。为了阻止厮杀，曾经的火攻烟熏使蜜蜂尸体残缺不全，很难作出判断。
蜂农们反映，有一种被称为“花葫芦”的胡蜂是中华蜜蜂的天敌。“花葫芦”是一种捕食性昆虫，个头是中蜂的两到三倍，素来凶猛，极富攻击性。董祥亮也说山上胡蜂很多，它们常钻进蜂箱里，咬死蜜蜂。家蜂和胡蜂互咬，一只胡蜂可以和很多家蜂咬成一团。
为了验证胡蜂是否是杀死蜂王的凶手，杨冠煌捉了几只个头硕大的胡蜂做试验。一只胡蜂出现在中华蜜蜂的蜂巢门口时，中蜂立即排成一排，守卫蜂巢。胡蜂见无懈可击，暂时闪躲一边，等待时机。此时，蜂巢门口的守卫蜂开始快速振翅，发出一种特殊声音向其他工蜂报警。
尽管中蜂已高度防范，但蜂蜜的诱惑使胡蜂勇气倍增，仗着比中蜂大几倍的个头，它还要冲进蜂巢。然而，中蜂拼死抵抗。
显然体大凶猛的胡蜂低估了中蜂的团结和士气，被团团包围的胡蜂最终落荒而逃。
杨冠煌接着又放人一只胡蜂。这只胡蜂似乎更为强悍，几次都差点冲进了蜂巢，工蜂再次发出强烈报警。仅仅一分多钟，第二只胡蜂的强攻再次以惨败告终。
实验证明胡蜂虽然善于在飞行中捕食单个中蜂，却无法突破工蜂的层层防线。
蒲洼乡还养殖着从国外引入的意大利蜂，可是意大利蜂无论个头还是力量，都远不如胡蜂。强攻猛打，意大利蜂更加没有获胜的可能。
再度受挫
调查陷入了停顿，数次进山调查都无结果，杨冠煌陷入了深深的思考。和蜂农们一起聊天的时候，杨冠煌得知蜂农们常发现“蜂螨”对蜜蜂的危害。
养蜂业最大的病害就是蜂螨，意大利蜂等外来蜂种因为受到这种螨的寄生，常常使整个蜂群损失惨重。
蜂螨只有针眼大小，寄生在蜜蜂幼虫、蛹以及成蜂身上，靠吸食蜜蜂的体液存活，一旦感染蜂螨，会使蜜蜂寿命缩短，幼虫和蜂蛹大量死亡。会不会是工蜂采蜜时把蜂螨带回，传染给了整个中华蜜蜂蜂群，导致蜂王死去的呢？杨冠煌决定再做一次实验。
他把收集来的蜂螨放到一只中华蜜蜂身上，随即，这只蜜蜂产生反应，它的腹部剧烈抖动，并振翅发出比正常状态高得多的声音。只要蜂螨附着在身上，这个反应就持续下去。急剧的摆动引起了其他工蜂的注意，这些工蜂就爬到它身上，把蜂螨叼走。
原来，中华蜜蜂之间能利用不同频率的声波来传递信息，寻求伙伴帮助，抵抗蜂螨的侵害。世界上有四个蜂种，中华蜂是唯一能抗蜂螨的蜂种。于是，这个结果也排除了蜂螨杀死蜂王的可能性。
调查线索再度中断，此时，杨冠煌已在蒲洼乡住了几个月。
正当杨冠煌一筹莫展的时候，董祥亮急匆匆赶来说，村民董师傅家今天文突然死了一只蜂王。
杨冠煌急忙赶往现场，为防止工蜂飞散，董师傅已经关闭了蜂箱门。杨冠煌仔细观察蜂王的尸体，蜂王体内似乎有某种异物，看上去很奇怪。
事不宜迟，杨冠煌立即解剖这只死去的蜂王。令他惊奇的是，尸体上的异物竟是类似蜜蜂的蜇刺钩状物，显然，这一定是凶手留下的凶器。可是，哪个凶手能冲破重重防线行刺蜂王呢？
杨冠煌随即将不同蜂种的蜇刺进行比对，他完全没有想到的是，蜂王尸体上的蜇刺竟是曾经被他忽视的意大利蜂的蜇刺。
可是，意大利蜂究竟是如何进入中蜂蜂巢的呢？几天后，杨冠煌终于观察到了这一情景：两只意大利蜂来到中蜂蜂巢门口时，振动翅膀，中蜂工蜂竟轻易放行了。意大利蜂无论从个头还是外形上，和中华蜜蜂都有很大差异，为什么工蜂觉察不到呢？杨冠煌突然意识到，蜜蜂之间是靠翅膀振动来传递信息，蜂王之死的关键可能就藏在这个细节中。
真相大白
他立刻返回城里，将意蜂和中蜂送到植物保护研究所进行振翅测定。经测试得知，意蜂工蜂振翅频率跟中蜂雄蜂频率接近。意蜂工蜂飞到中蜂巢，守卫蜂很容易根据它的震翅频率，误认为是自家的雄蜂，而放它进巢。
杨冠煌预感到自己已接近真相。回到蒲洼乡，他立即把蜂王和工蜂整体搬进可透视蜂箱，等待意大利蜂的再次行动。
目标出现了，因为振翅频率相似，工蜂误认为这个比自己个头稍大的家伙是自家的雄蜂。意大利蜂轻易地混进了中蜂蜂箱。
中蜂工蜂们对它深信不疑，纷纷跑过来，用蜂蜜饲喂这只意蜂。此时，蜂王正在蜂箱另一边接受工蜂们的呵护，丝毫没有察觉到潜伏的杀机。
然而，享受完美食的意大利蜂迅速开始了此行的真正任务——寻找并刺杀蜂王。
片刻之后，意蜂发现了蜂王并展开追杀。危急时刻，蜂王急中生智将尾部插进蜜穴，因为腹部是蜂王身上最柔软最容易被刺中的部位。这样一来，意蜂便无计可施。
可是又有两只意大利蜂混了进来，工蜂们仍未识破这些敌人。
慌不择路的蜂王爬到一个工蜂稀少的蜂脾上。这恰恰给了意蜂可乘之机，意蜂尾部对准蜂王，迅速将带毒的蜇刺刺中蜂王。距意蜂进入蜂箱整两个小时，被三只意蜂合力刺杀的蜂王中毒死去。
杀死蜂王后，意大利蜂招呼自己的同伴前来，在中蜂群龙无首的混乱中，展开厮杀，盗走蜂蜜。
原来，蒲洼乡自20世纪80年代开始引进意蜂养殖，因为意大利蜂产蜜量高，中华蜜蜂又常常出现蜂王离奇死亡，越来越多的村民开始放弃中蜂转养意蜂，人为因素和蜂群间残酷的生存竞争，导致了中华蜜蜂的急剧减少。
虽然杨冠煌揭开了谜底，感到外来蜂种对中蜂的危害很大，但这个问题很不好解决。
中蜂产蜜量不如意大利蜂，但是中华蜜蜂有突出的优点，除了采食较大蜜源，还会不辞辛苦寻找零星小蜜源。在同一地区，它们每天的工作时间会比意大利蜂多出两三个小时，所以，它们对本地植物授粉的广度和深度都超过外来蜂种。可以说，如果没有中华蜜蜂，山区的一些植物可能会大幅度减少甚至灭绝。
杨冠煌的调查结论出来后，蒲洼乡建立了自然保护区，保护区内禁止饲养外来蜂种，以帮助中华蜜蜂种群得以恢复和发展。