季节。最好吃应季的蔬菜和水果，除了大棚作物外，其他的反季节作物都有转基因的嫌疑。
色彩。与传统色彩差异明显的多是转基因，比如彩色棉花、彩色辣椒。
个头。区别于常规大小的作物。比如很多人喜欢吃的像大拇指般大小的圣女果，比非转基因西红柿更小更甜。非转基因大豆是椭圆形的，有点扁，肚脐为浅褐色，大小不一；而转基因大豆则是圆形的，肚脐为黄色或黄褐色，豆的大小差不多，打出来的豆浆有点黄。
味道。传统的玉米一般就是黄玉米、白玉米，略带甜味；而现在流行的甜玉米，其甜度非常高，无疑是转基因作物。
害虫。凡是害虫喜欢光顾的作物通常属于非转基因类别，凡是害虫害怕，甚至是没有遭遇害虫的作物，通常属于转基因。
产量。转基因作物在开始几年，其产量一般要比传统作物高不少。